Lengi hafði ríkt ósætti milli Íran og Íraks vegna ágreinings um hvar landamærin milli landanna ættu að vera. Þá fór Khomeini æðstiklerkur í Íran ekki dult með þá skoðun sína að Saddam Hussein forseti Íraks stæði í vegi fyrir framgangi Islam á svæðinu en Saddam Hussein forseti Íraks hafði aftur áhyggjur af uppgangi islamskra harðlínuafla. 

Upp úr sauð í september árið 1980 þegar Írakar gerðu innrás inn í Íran. Átti Hussein von á að mæta lítilli mótspyrnu í Íran í ljósi þess að Khomeini var nýtekinn við stjórnartaumunum þar eftir erfiða borgarastyrjöld.

Annað átti eftir að koma í ljós því þetta var upphafið að einu blóðugasta og hatrammasta stríði 20. aldar sem stóð í átta ár.

Veitti hvorum aðilum betur sitt á hvað en það hjálpaði Írönum að Kúrdar í Írak gengu til liðs við þá. Þegar Írakar hófu að beita efnavopnum eins og sinnepsgasi í stríðinu mótmælti alþjóðasamfélagið.

Eftir átta ára ófrið tókst að koma á friði með aðstoð Sameinuðu þjóðanna og stóð þá hvorugt ríkið uppi sem sigurvegari en allir höfðu tapað, sérstaklega almenningur í báðum löndunum.